La balneazione nel territorio della ATS  di Milano è consentita per il bacino dell'Idroscalo, polo di attività ricreativa e sportiva.

I campionamenti delle acque dell'Idroscalo vengono effettuati da aprile a settembre con cadenza mensile nei punti più significativi. Le acque di questo bacino sono di qualità eccellente, tuttavia per motivi di sicurezza la balneazione è possibile solo in un'area delimitata situata davanti alla spiaggia nei pressi della Punta dell'Est.

Gli esiti dei campionamenti dei punti balneabili sono consultabili attraverso il "Portale Acque" del Ministero

La balneazione è vietata in tutti i fiumi che attraversano l'ATS di Milano.

Per i fiumi Ticino e Adda sono presenti punti studio controllati da aprile a settembre con cadenza mensile. Per il momento la balneazione non è consentita per questioni di sicurezza di accesso ai potenziali punti di balneazione o nel praticare la balneazione, oltre che per la non adeguata qualità dell'acqua, anche se negli ultimi anni si assiste ad un miglioramento.

ATS comunica ai Sindaci dei Comuni la necessità di disporre i provvedimenti di divieto permanente alla balneazione e di apporre adeguata cartellonistica per informare la cittadinanza.

Canali, Navigli e cave per natura intrinseca, non sono corpi idrici superficiali destinabili alla balneazione. La balneazione di questi ultimi è infatti resa molto pericolosa per la loro natura di "manufatti". Malgrado ciò, spesso le persone la praticano ugualmente, trasformandola in alcuni casi in scenario di incidenti pericolosi.

Pertanto, l'ATS ogni anno comunica ai Sindaci dei Comuni l'opportunità di disporre i provvedimenti di divieto permanente di balneazione da esporre lungo le sponde e in prossimità dei punti d'accesso di tali manufatti.